Abandonados por sus padres abusivos y con solo el uno al otro en quien confiar, los hermanos Utsutsu y Yume Hasegawa se ven desviados por hermosas mariposas rojas que han aparecido en su mundo. Sin que ellos lo sepan, estos heraldos de alas carmesíes anuncian el inicio de una pesadilla canibalística: un misterioso virus conocido como Pupa está a punto de eclosionar.
Después de sucumbir a los efectos completos de Pupa, Yume sufre una grotesca metamorfosis en una criatura monstruosa con un deseo insaciable de carne; Utsutsu, por otro lado, es solo parcialmente afectado, adquiriendo notables poderes regenerativos en su lugar. Reafirmando la determinación de cumplir la promesa que se hizo a sí mismo años atrás, Utsutsu está dispuesto a sacrificarlo todo para estar siempre ahí para su preciosa hermanita.
Pupa cuenta la historia de las desesperadas luchas de un hermano amoroso para salvar a su hermana mientras protege al mundo de su hambre incontrolable.
