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Tras el cierre del caso "Laughing Man", la Sección 9 es reestablecida por la recién elegida Primera Ministra de Japón, Youko Kayabuki, para combatir la persistente amenaza del ciberterrorismo. Un grupo que se hace llamar "The Individual Eleven" ha comenzado a cometer actos de terror en Japón. Mientras Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou y los demás miembros de la Sección 9 investigan esta nueva amenaza, el gobierno japonés enfrenta una crisis separada, ya que los refugiados extranjeros desplazados por la Tercera Guerra Mundial buscan asilo en Japón. Pero a medida que los miembros del equipo de operaciones especiales se encuentran constantemente con Gouda Kazundo, un destacado miembro del Servicio de Inteligencia del Gabinete, comienzan a sospechar que él podría estar involucrado, y que los eventos de la crisis de refugiados y "The Individual Eleven" podrían estar más conectados de lo que se dan cuenta.